동물과 식물의 구분에 사용되는 ‘토종’과 ‘외래종’에 대한 명확한 정의는 없지만, 일반적으로 다음과 같이 분류되는 경우가 많다.
“토종”이란 전통적으로 그 지역에 서식하고 자라는 동물과 식물의 품종과 계통을 말하는 분류군이다.
인위적인 영향이 아닌 자연 분포 영역과 분산 능력 영역 내에 존재하는 종을 지칭하는 경우가 대부분이며 자생종, 야생종, 고유종, 자연 분포종으로 불리기도 한다.
외래종이란 원래 그 지역에 서식하거나 자라지 않고 인위적으로 들여온 동물·식물의 품종·계통을 일컫는 분류군이다.
의도적으로 도입되었는지 여부와 관계없이 인간의 활동에 의해 직간접적으로 자연분포지역 밖으로 이동한 종으로 이입종, 침입종, 귀화종으로 불리기도 한다.
‘외래종’ 중에서도 분포가 확대되었을 때 ‘토종’의 멸종이어질 우려가 있는 등 생태계나 인간의 생활에 막대한 영향을 미치는 것을 특히 ‘침략적 외래종’이라고 부르며, 일본에서는 의도적으로 도입된 외래종으로는 미국에서 식용으로 도입된 황소개구리나 레저피싱 대상 물고기로 방류된 블랙배스, 짚신벌레를 구제할 목적으로 도입된 야자나무 등이 비의도적 외래종으로 지정되어 있다.
한편, 국내에서는 ‘토종’으로 여겨지는 장수풍뎅이, 금붕어, 너구리, 해초 미역 등이 국내 밖에서 ‘침략적 외래종’으로 분류되기도 한다.